Институт 21 га яқин давлатнинг (Россия, Белорус, Украина, АҚШ, Германия, Австрия, Венгрия, Голландия, Хорватия, Чехия, Словакия, Франция, Испания, Хитой Халқ Республикаси, Япония, Туркия, Озарбайжон, Қозоғистон, Тожикистон, Афғонистон, Туркманистон, Ўзбекистон) 90 га яқин университетлари, 20 га яқин илмий-тадқиқот марказлари, ташкилот ва компаниялари билан ўзаро ҳамкорлик алоқаларини ўрнатган бўлиб, шулардан 85 таси билан икки томонлама ҳамкорлик шартномаси, келишув ва меморандумлари имзоланган. Юртимизда фаолият юритаётган хорижий давлатларнинг элчихоналари, жамоат ташкилотлари ҳамда дўстлик жамиятлари билан таълим, илм-фан ва маданият йўналишларида ҳам яқиндан ҳамкорлик алоқалари ўрнатилган. Буни яққол мисоли сифатида Корея Республикасининг KOICA, Словакия, Чехия, Швецария, Германия, Венгрия ва АҚШнинг Ўзбекистондаги элчихоналари, Япониянинг JICA, JDS, Германиянинг Goethe институти, GIZ ва GTS ташкилотлари, Буюк Британиянинг British Council, Исроилнинг МАSHАW ва бошқа ташкилотларни келтиришимиз мумкин. Бундан ташқари, ЮНЕСКО, БМТнинг Ривожлантириш дастури (UNDP), Халқаро сув ресурсларини бошқариш институти (IWMI), Фолксваген фонди (Волксваген), Қурғоқчил минтақалар бўйича қишлоқ хўжалиги тадқиқотлари халқаро маркази (ICARDA), Жахон ҳамда Осиё тараққиёт банклари, Марказий Осиё минтақавий экологик маркази (CАRЕC) каби халқаро ташкилот ва институтлар билан мустаҳкам халқаро ҳамкорлик алоқалари ўрнатилган.